Basis Data Genom Pertama di Indonesia
JAKARTA - Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian (Balitbangtan) Kementerian Pertanian membuat data genomika dalam wadah bernama Pusat Genom Pertanian Indonesia (PGPI). PGPI ini dibuat lantaran data genomika dari komoditas pertanian masih sulit ditemukan di Indonesia, meskipun sudah cukup banyak disajikan oleh berbagai intitusi penelitian dan pengembangan (litbang) di luar negeri.
PGPI merupakan basis data genom pertama di Indonesia yang menyajikan informasi berupa hasil analisis re-sekuensing genotyping. Cakupan komoditas yang tersedia diantaranya tanaman palma (kelapa, kelapa sawit, aren), tanaman industri (jarak pagar dan kakao), tanaman hortikultura (cabai, kentang, pisang), tanaman pangan (padi, jagung, kedelai), dan hewan atau ternak (sapi). Seluruh data tersebut dapat dengan mudah diakses masyarakat melalui situs http://genom.litbang.pertanian.go.id.
“Kita juga saat ini tengah mengembangkan database genom untuk mikroba dan marine species,” kata Peneliti Balitbangtan, Hakim Kurniawan, dalam keterangan tertulis, Kamis (14/11).
Situs PGPI ini sudah mulai daring dan dapat diakses publik sejak 1 Oktober 2015 dan telah mendapat hak cipta dari Kementerian Hukum dan HAM pada April 2018. Menurut Hakim, PGPI merupakan pelopor dalam berbagi data di bidang genomika, khususnya untuk sumber daya genetik unik Indonesia atau yang sering dimanfaatkan dalam permuliaan di Indonesia.
“PGPI ini juga dilengkapi help desk yang membantu para pengguna untuk berkonsultasi terkait penelitian genomika maupun aplikasi informasi di PGPI,” ujarnya.
Selain itu, terdapat dua komponen utama yang terdapat di situs PGPI, yaitu pangkalan data (database) dan penjelajah genom (genome browser) berisi aplikasi dengan interface grafis untuk menampilkan data genomik serta visual dari keseluruhan genom beserta data bernotasi misalnya struktur gen, protein, ekspresi, variasi, regulasi, dan analisis komparatif.
Hingga saat ini, terdapat 11 institusi litbang domestik dan luar negeri yang bergabung dan berkontribusi dalam PGI, diantaranya BB Biogen, Balit Palma, Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Balittri, Balitsa, Balitbu Tropika, Balai Penelitian Ternak, Lolit Sapi Potong, Institut Pertanian Bogor, Seoul National university (Korea Selatan), dan Kasetsart University (Thailand).
